Instytut został założony w roku akademickim 1930/31, ale jego korzeni należy szukać wcześniej. W 1913 r. jeszcze przed restytucją Uniwersytetu Warszawskiego (1915 r.) powstał Gabinet Historycznego Towarzystwa Warszawskiego, skupiający warszawskie środowisko historyczne, w którym energicznie działał późniejszy twórca IH Marceli Handelsman. Trzy lata później powstało pierwsze Seminarium Historyczne. Seminarium mieściło się w dawnym gmachu seminaryjnym (obecnie budynek Wydziału Prawa i Administracji) i miało do dyspozycji jedynie sześć pokoi. W miarę powstawania kolejnych katedr historycznych jedno Seminarium okazało się niewystarczające. Poszczególni profesorowie poczęli czynić starania o stworzenie nowych zakładów historycznych. Aby jednak utrzymać wspólną politykę poszczególnych zakładów, został w roku akademickim 1930/31 powołany do życia IH, stanowiący federację wszystkich seminariów. W skład Instytutu wchodziły wówczas następujące seminaria: Seminarium Historii Starożytnej, którym kierował prof. T. Wałek-Czernecki, Seminarium Historii Polski Wieków Średnich - prof. J. K. Kochanowski, Seminarium Historii Polski Nowożytnej - prof. W. Tokarz, Seminarium Historii Powszechnej -prof. M. Handelsman, Seminarium Historii Europy Wschodniej -prof. O. Halecki, Seminarium Historii Ukrainy - prof. M. Korduba, Seminarium Historii Gospodarczo-Społecznej i Geografii Historycznej - prof. S. Arnold. Kierownikiem administracyjnym Instytutu został prof. M. Handelsman. W 1938 roku Instytut zmienił siedzibę i przeniósł się do Pawilonu Sztuk Pięknych, tzw. gmachu pomuzealnego (obecna siedziba Instytutu). Od samego początku pod kierownictwem prof. M. Handelsmana Instytut rozwijał się bardzo dynamicznie. Wybuch wojny przerwał zajęcia na Uniwersytecie. Rozpoczął się okres tajnego nauczania. Ukrywający się w Milanówku Marceli Handelsman kierownictwo podziemnego studium historycznego przekazał doc. Tadeuszowi Manteufflowi. Studium rozpoczynając działalność jesienią 1940 r. liczyło 3 wykładowców i 6 słuchaczy. W ostatnim roku akademickim (1943-44) rozrosło się do 12 wykładowców i 90 słuchaczy. Tajne nauczanie lat okupacji i łączona z nim wspólna walka zbrojna uczących i uczonych mimo niepowetowanych strat w ludziach wychowały pokolenie zdolne z największym powodzeniem podjąć odbudowę Instytutu po wojnie.

Po wojnie Uniwersytet Warszawski  reaktywowany uchwałą rządową z 17 lipca 1945 r.  bardzo szybko wznowił działalność. Zapisy na Uniwersytet rozpoczęto już 10 września. W ich wyniku przyjęto na Wydział Humanistyczny 432 osoby na rok pierwszy, 387 na lata wyższe, razem 823, z czego na sekcję historyczną zgłosiło się 269 osób. Lata 1945-1955 to okres, kiedy Instytutem kierował prof. T. Manteuffel oraz czas intensywnego rozwoju i zmian w Instytucie Historycznym. Rok akademicki 1945/46 Instytut rozpoczął opierając się na programie studiów stosowanym z powodzeniem w czasie wojny. Program ten dzielił 4-letnie studia magisterskie na 2 okresy. Pierwszy, przeznaczony na wykłady i zajęcia o charakterze encyklopedycznym, kończył się obowiązkowym egzaminem. Drugi okres studiów przebiegał pod znakiem specjalizacji i swobody wyboru zajęć. Decyzją Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego i Nauki z 15 lutego 1951 r. Wydział Humanistyczny podzielony został na trzy wydziały: Filozoficzno-Społeczny, Historyczny i Filologiczny. W skład Wydziału Historycznego weszły: Instytut Historyczny (11 katedr), Zespół Katedr Historii Sztuki, Instytut Papirologii, Archeologia oraz Muzykologia. Rok później MSWiN zadecydowało o zmniejszeniu liczby katedr. Powstały wówczas katedry: historii Polski feudalnej, historii Polski nowożytnej i najnowszej, historii ZSRR oraz historii powszechnej. Na początku lat pięćdziesiątych doszło również do wydłużenia studiów magisterskich do pięciu lat. Następny, dwudziestoletni etap w dziejach IH to lata 1955-1975, kiedy kierował nim prof. Aleksander Gieysztor. W 1975 r. kierownictwo Instytutu przejął prof. Henryk Samsonowicz, za kadencji którego Instytut obchodził w dniach 6-7 marca 1980 r. jubileusz pięćdziesięciolecia (1 października 1980 r. prof. Samsonowicz został rektorem Uniwersytetu). Kolejnymi dyrektorami IH byli: prof. Antoni Mączak (1980-1987), prof. Juliusz Łukasiewicz (1987-1993), prof. Bronisław Nowak (1993-2002), prof. Michał Tymowski (2002-2008), a od 2008 dyrektorem jest prof. Maria Koczerska. W Instytucie zatrudnionych jest obecnie niemal 90 pracowników naukowo-dydaktycznych - z tytułem profesorskim, ze stopniem doktora habilitowanego, ze stopniem doktora oraz magistrów.